Фамилия Гизенко звучит на русский слух необычно, и это не случайно: её корни ведут не в славянскую, а в немецкую среду. В основе фамилии лежит немецкое личное имя Гизе (Giese) — краткая форма от Гизеберт (Gisbert), где первая часть gīsel означает «залог», «заложник» или же «потомок знатного рода». В средневековой Германии имя было распространено, а на украинских и южнорусских землях, куда переселялись немецкие колонисты, ремесленники и военные, оно адаптировалось к местной словообразовательной модели.

Суффикс -енко — типичный для украинской и южнорусской ономастики патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Гизенко — это «сын Гизе» или «потомок Гизы». Модель образования фамилии редкая: если фамилии на -енко от славянских имён (Иваненко, Петренко) встречаются повсеместно, то от немецкого корня с тем же суффиксом — большая редкость. Это сразу отличает Гизенко от однокоренных, но иначе оформленных фамилий: Гизе, Гизов, Гизен.

География фамилии подтверждает её происхождение. Основная масса носителей Гизенко сосредоточена на юге России и востоке Украины — в Ростовской области, Краснодарском крае, в бывших землях Войска Донского, а также в Запорожской и Днепропетровской областях. Именно в этих регионах в XVIII–XIX веках активно селили немецких колонистов, и фамилия закрепилась в казачьей и крестьянской среде.

Версия о том, что Гизенко могло произойти от украинского слова «гиз» (в диалектах — «грязь», «тина»), маловероятна: такое прозвище не дало бы устойчивой фамилии с типичным патронимическим суффиксом. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии был немцем по происхождению, но влился в восточнославянскую общину, и его потомки уже получили фамилию по местной модели. Так что Гизенко — пример того, как чужеземное имя обросло местным суффиксом и стало звучать по-русски.