Фамилия Гизунова — женская форма, а её мужской вариант, Гизунов, образован по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Гизуна. Основа здесь — прозвище Гизун, которое в русских говорах имело вполне конкретное значение. В словарях народных говоров, например, у Владимира Даля, «гизать» или «гизун» связывается с глаголом «гисать» — плакать, реветь, капризничать. Соответственно, Гизуном могли прозвать плаксивого, обидчивого или постоянно ноющего человека, ребёнка с таким характером.

Однако у этой фамилии есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «гизун» — это не человек, а вид насекомого, чаще всего овода или слепня. Прозвище в таком случае могло достаться надоедливому, приставучему или очень подвижному человеку. Сравните с фамилиями Оводов, Шершнев — модель та же, но корень куда реже.

Географически фамилия Гизуновы встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской и Волгоградской областях, а также на Кубани. Это зона, где украинское и русское население смешивалось веками, что делает «южную» версию происхождения (от насекомого) вполне правдоподобной. Встречается фамилия и на Урале, но там она явно более поздняя, принесённая переселенцами.

С точки зрения словообразования, фамилия Гизунова стоит в ряду с такими же «прозвищными» фамилиями на -ун: Говорун (от говорун — болтун), Болтунов, Крикунов. Суффикс -ун в русском языке активно образовывал имена деятелей по характерному действию или свойству. В отличие от фамилий на -ин (типа Гизунин), которые тоже возможны, вариант на -ов исторически чаще закреплялся за потомками людей, а не за вдовами или жёнами, что указывает на давнюю укоренённость прозвища.

Социально предки Гизуновых скорее всего были крестьянами или посадскими людьми — прозвища такого типа редко давали дворянам, у которых были родовые имена, а вот в среде, где человека называли по яркой внешней черте, Гизун — вполне обычное дело. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения этой фамилии в открытых источниках нет, что только подтверждает её народные корни.