Фамилия Глафирина — редкий случай в русской ономастике, когда в основе лежит не мужское имя или прозвище, а женское. Она образована от имени Глафира, которое пришло в русский язык из греческого (glaphyros — «утонченная», «изящная»). И это сразу отличает её от подавляющего большинства русских фамилий, где суффикс -ин обычно крепится к мужской основе: Петров, Иванов, Кузьмин.

Как такое могло получиться? В крестьянской и мещанской среде фамилию часто давали по матери, если она была вдовой, кормилицей или просто более известной в округе личностью, чем отец. Если женщину звали Глафира, а её мужа, скажем, «Ванька-бобыль», то детей могли записать как Глафирины — по материнскому имени. Фамилия указывает не на род занятий, а на личное имя прямого предка по женской линии.

В церковном календаре святая Глафира (дева, пострадавшая за веру в IV веке) почитается, но имя никогда не было массовым. Оно встречалось скорее в купеческих и духовных семьях, где любили благозвучные греческие имена. Поэтому и фамилия Глафирина — штучная, нечастотная. Её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого региона или даже из одной семьи, где имя Глафира передавалось из поколения в поколение.

Словообразовательно всё прозрачно: основа Глафир- плюс суффикс принадлежности -ин. Окончание -а указывает на женский род носительницы (если речь о женщине), но в мужском варианте фамилия звучит так же — Глафирин. То есть мужчина будет Глафирин, а его дочь или жена — Глафирина. Путаница в документах случается часто, но исторически верная форма для мужчины — именно с нулевым окончанием.

Сравните с фамилиями Марьин, Натальин, Ольгин — все они образованы по той же модели от женских имён. Но если Марьиных много, то Глафириных — единицы. Встретить такую фамилию можно скорее в центральных областях России, где приходские списки фиксировали «внебрачных» детей по матери, или в старообрядческих общинах, где сохранялись редкие имена. География фамилии узкая, и это делает её особенно ценной для генеалогического поиска: найти своих Глафириных по одной ветке реальнее, чем Ивановых.