Фамилия Глупышев образована по типичной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс принадлежности -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий, отсюда -ев, а не -ов. В основе лежит прозвище Глупыш. Вопреки первому впечатлению, оно не обязательно указывало на умственные способности человека. В русских говорах слово «глупыш» имело и другие значения: так могли называть молодого, неопытного человека, новичка в каком-либо деле. В некоторых регионах «глупыш» — это название птицы (например, птенца чайки) или даже рыбы. Прозвище могло закрепиться за человеком недалёким, но чаще — за молодым, не умудрённым жизнью парнем, которого старшие называли так без злого умысла, скорее по-свойски.

Фамилия Глупышев не относится к числу дворянских или княжеских. Судя по модели образования, она скорее всего крестьянская или мещанская. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии на -ев редко фиксировались у высших сословий. Интересно, что в некоторых переписях встречается вариант написания через «о» — Глупошев. Это могло быть следствием акающего произношения (когда в безударном положении «о» звучит как «а»), но на письме закреплялось по-разному. Сейчас форма Глупышев более устойчива.

Редкость фамилии объясняется не столько её смыслом, сколько тем, что прозвище Глупыш было не самым распространённым. В отличие от однокоренных фамилий Глупов или Глупцов, которые встречаются чаще, Глупышев — локальное образование. Основные очаги бытования этой фамилии по данным современных справочников — Поволжье и южные регионы России. Встречается она и на Урале, но единично. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из среды государственных или помещичьих крестьян, а само прозвище досталось родоначальнику не как клеймо, а как бытовое именование молодого или простоватого человека.