Фамилия Гнелица — редкий фонетический вариант более распространенной фамилии Гнилица. Перестановка звуков «н» и «е» (метатеза) или упрощение произношения со временем дали современную форму. Основа у обеих фамилий одна — географическое название Гнилица.

Так именуются несколько сел в России (Белгородская область), на Украине (Сумская и Харьковская области) и в Белоруссии (Гродненская область). Кроме того, существуют реки Гнилица — приток Скрипицы и приток Северского Донца в Харьковской области. Все эти топонимы восходят к славянскому слову «гниль» в значении «мокрое место, ржавое болото». В народе гнилицей называли и плесень, нападающую на сырые избы, погреба, подвалы, а также на ульи.

Скорее всего, основатель рода Гнелица получил прозвище по месту жительства — либо был выходцем из одного из сел с названием Гнилица, либо поселился в болотистой, сырой низине. Обращает на себя внимание суффикс -иц(а), характерный для прозвищ, образованных от топонимов или описательных названий местности. Это указывает, что фамилия закрепилась в среде, где было принято называть человека по характерному признаку его усадьбы или родной деревни.