Фамилия Гнилица звучит редко и немного неаппетитно, но за ней стоит прозвище, а не прямое указание на гниль. Скорее всего, корень здесь — «гнил-», но с другим смыслом: в русских говорах «гнилой» нередко означало «сырой», «болотистый», «топкий». Отсюда же «гнилец» — болото, трясина, зыбкое место. Человек, живший у такого болота или на сырой низине, легко получал прозвище Гнилец или Гнилица.

Суффикс -ица в этой фамилии — не типичный патронимический (как -ов или -ин), а субстантивный, то есть образующий существительное от прилагательного. «Гнилица» — это и есть то самое болотистое место, или же прозвище, перешедшее в фамилию без изменений. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые застывают в форме родительного падежа («чей?» — Гнилицын), тут форма именительного падежа сохранилась как есть. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где прозвища не переоформляли в притяжательную форму.

Вероятно, первый носитель фамилии Гнилица происходил из зоны Полесья или Черниговщины, где топонимы и прозвища «Гнилица», «Гнилец» встречаются до сих пор. В этих краях болотистая местность — обычное дело, и название деревни или урочища легко становилось фамилией переселенца. Альтернативная версия, что прозвище дали человеку с гнилыми зубами или неопрятному, менее правдоподобна: такие личные прозвища редко закреплялись в фамилиях без смягчающего суффикса (вроде Гнилкин или Гнилов).

Однокоренные фамилии — Гнилов, Гнилозубов, Гнилецкий — встречаются чаще, но Гнилица выделяется именно своей архаичной формой. Она могла сохраниться без изменений с XV–XVI веков, когда прозвища ещё не превратились в массовые фамилии на -ов. По сословной принадлежности предки скорее всего были крестьянами или казаками, жившими на сырых землях.