Фамилия Гнесная — редкий случай, когда в основе лежит не профессия, не имя и не географическое название, а внутреннее качество или физическая особенность человека. Если отбросить суффикс прилагательного, остаётся корень «гнес-», который напрямую связан со словом «гнести» — старинным глаголом, означавшим «давить», «жать», «угнетать». В русских говорах «гнёсный» (через «ё», которая в фамилии перешла в «е») говорили о человеке тяжёлом, хмуром, склонном к унынию, либо о том, кто сам находился под гнётом обстоятельств.

Фамилия образована по продуктивной модели прилагательного с окончанием -ая, характерной для южнорусских и украинских территорий. Такие фамилии часто закреплялись за одним человеком в семье и не склонялись по родам: Гнесная — это изначально прозвище, ставшее родовым именем. Сравните с однокоренными Гнётнев, Гнетов — там суффикс -ов указывает на «сына гнетливого человека», а Гнесная прямо называет самого носителя. Эта особенность подсказывает, что предок был либо единственным мужчиной в семье, либо прозвище закрепилось за женщиной-вдовой, за которой пошла вся линия.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) встречаются единичные записи фамилий на -есн-, но Гнесная не относится к частым. Это не крестьянская фамилия от ремесла и не дворянская от поместья — скорее, бытовое прозвище, которое давали в деревне. Второй, менее вероятный вариант: связь с диалектным «гнездо» через форму «гнезная» (человек из большого гнезда, семьи), но тогда ожидалось бы окончание -ин или -ов, а не -ая. Фонетически переход «гнезд-» в «гнес-» возможен в некоторых говорах, но объяснение через «гнести» выглядит прямее и надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской и Полтавской губерниям, откуда с переселенцами могла попасть на Кубань и в Сибирь. В дореволюционных метрических книгах Гнесные встречаются среди государственных крестьян и казаков — сословий, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений. Сегодня носителей фамилии немного, и в основном они сосредоточены на юге России и в Украине.