Фамилия Гнесин звучит на слух почти как «гнесин», но на деле она образована от мужского имени Гнесь или Гнеся. Это не ошибка и не искажение, а пример того, как в фамилиях сохранились древнерусские варианты имён, которые в наше время уже не встретишь. Имя Гнесь, судя по всему, — производная форма от Гневаш или Гневашко, а те, в свою очередь, восходят к церковному имени Гневаш (от греческого «гнозис» — знание, понимание, хотя в народе его переосмыслили в духе «гнев»). В русской ономастике такие случаи нередки: имя с книжным значением бытовое сознание «переводило» на понятный лад, и возникали прозвища вроде Гневаш, Гнесь.

Фамилия Гнесин — притяжательная, на суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гнесин, то есть сын Гнеси. Такая модель характерна для русских фамилий с основой на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от имён на твёрдый согласный, -ин чаще встречается у производных от ласкательных и кратких форм. Поэтому Гнесин — прямая отсылка к имени отца или деда, который в быту звался Гнеся.

География фамилии сосредоточена в основном в центральной России и Поволжье, особенно в старых переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются Гнесины среди крестьян и посадских людей. Никакого отношения к знаменитой династии музыкантов Гнесиных (основательниц музыкального училища) эта фамилия не имеет: те Гнесины — еврейского происхождения, с иным корнем (от аббревиатуры или от имени Гнеся, но в другой этнической среде). Русский Гнесин — фамилия исконно славянская, и её носители могли быть людьми самого разного сословия, от крестьян до мещан.

Если копнуть глубже, то в говорах слово «гнесь» иногда означало «гнедой» (о масти лошади), но эта версия менее вероятна: прозвища по цвету обычно давали не человеку, а скотине, и фамилии от них образовывались иначе. Так что основная версия — через имя Гнесь, и она же самая надёжная.