Фамилия Гесин — один из тех случаев, где на первый план выходит не географический, а прозвищный или профессиональный корень. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от названий животных или имён (например, «Гусин» от гуся), основа «гес» неочевидна и требует разбора нескольких версий.

Самый вероятный источник — искажённое или диалектное произношение слова «гесь» или «геза». В южнорусских и украинских говорах «гезом» или «гезой» называли человека с кривыми, «гусиными» ногами (от «гусь»). Человек, ходивший вразвалку или имевший вывернутую походку, мог получить прозвище Геза, а его потомки — фамилию Гесин. Подтверждение этой модели — фамилия Гесин встречается в документах Черниговской и Полтавской губерний, где такая фонетика (замена «у» на «е» в безударном положении) была нормой.

Менее распространённая, но правдоподобная версия — связь с ремеслом. В некоторых северных говорах «гес» — это плотницкий инструмент, тесло (узкое долото). Прозвище Гес могли дать столяру или бондарю, работавшему с мелкими деталями. В этом случае фамилия Гесин — аналог фамилии Теслин, но с заменой начального «т» на «г», что случается при диалектном «аканье» или под влиянием украинского языка.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась по патронимическому принципу: «чей?» — Гесин, то есть сын человека по прозвищу Геса (или Гес). Это типичная модель для крестьянских и мещанских фамилий центральной и южной России, где -ин было так же распространено, как -ов на севере.

В официальных списках фамилия Гесин не относится к числу дворянских или старинных боярских родов. Она бытовала в основном среди однодворцев и государственных крестьян. Интересно, что в XIX веке носители фамилии Гесин фиксируются в Екатеринославской губернии и в Области Войска Донского — там, где смешивались русские и украинские говоры, что и породило такую необычную фонетическую форму.