Фамилия Гесенко на первый взгляд кажется простой, но её корень таит в себе несколько возможных значений, и выбор между ними зависит от того, где и когда жили предки. Основа фамилии — «Гес» — не является ни распространённым русским именем, ни очевидным прозвищем. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от топонима, то есть от названия местности.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с немецким городом Гисен (Giessen), который в исторических документах на русском языке иногда фиксировался как Гессен или Гесен. В таком случае суффикс «-енко» (характерный для украинской и южнорусской ономастики, означающий «сын» или «потомок») указывает на человека, который происходил из этого города или региона. Предок-носитель фамилии мог быть переселенцем, ремесленником или купцом, который осел в Малороссии или на южных границах России, и его прозвали «Гесен» — то есть «тот, кто из Гессена».

Вторая, менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с личным именем. В некоторых говорах «Гес» могло быть сокращённой формой от крестильного имени Георгий (в народных вариантах Егорий, Юрий) или от редкого имени Гедеон. В таком случае Гесенко — это потомок человека по имени Гес. Однако эта гипотеза слабее, потому что такая форма сокращения нехарактерна для русской и украинской традиции, где от Георгия обычно образовывали Егор, Юра или Жора.

Интересно, что фамилия Гесенко практически не встречается за пределами восточнославянских земель, что подтверждает её местное происхождение, а не прямое немецкое заимствование. Если бы предок был немцем и носил фамилию Гессен, то при переселении она, скорее всего, осталась бы без суффикса. Суффикс «-енко» как раз и адаптировал чужое географическое название под местную модель фамилии, сделав её «своей» для украинской среды. Таким образом, Гесенко — это фамилия-указатель на географические корни, и её носители, вероятно, происходят из семей, где кто-то из предков был выходцем из немецких земель или имел прозвище, данное по месту его рождения.