Фамилия Гезий — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — окончание -ий. В русской фамильной модели это не типичный суффикс, как -ов или -ин. Такое окончание чаще встречается у фамилий, образованных от прилагательных (например, Толстой, Благой) или у фамилий, пришедших из других языков, особенно греческого и латинского, через семинарскую среду. Вторая версия — фамилия могла быть записана по польской или украинской модели, где -ий — стандартное окончание фамилий-прилагательных (Шевченко — Шевченковский, но бывают и усечённые формы).

Наиболее вероятная основа — древнегреческое имя Гезий (Hesios), что означает «священный», «посвящённый богам». В русской традиции такие имена давали при крещении, но чаще они становились прозвищами для выходцев из духовного сословия. Семинаристы нередко получали фамилии, образованные от греческих корней, взамен простонародных. Так, сын дьячка по прозвищу Гезий или учитель, преподававший греческий, мог получить фамилию Гезиев, а со временем, в результате упрощения или местного произношения, она превратилась в Гезий. Фактически, это усечённая форма от отчества на -ев: Гезий могло возникнуть из Гезиев так же, как Дмитрий — из Дмитриев.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «гез» (глаз) или «гези» (зрение, взгляд). В таком случае прозвище Гезий мог получить человек с острым зрением, или, иронично, подслеповатый. Однако тюркские фамилии обычно оформляются суффиксами -ов/-ев, а окончание -ий для них нетипично, поэтому эта версия слабее.

В церковных записях Гезий могло фиксироваться и как Гезиев — встречаются оба варианта. География фамилии указывает на западные и южные регионы бывшей Российской империи: Украина, Белоруссия, а также центральные губернии, где были сильны духовные училища. Носителей фамилии мало, и в дореволюционных справочниках она не значится среди дворянских или купеческих родов — скорее всего, это фамилия мещан или духовенства. Точных сведений о знаменитых носителях нет, что только подтверждает её редкость и узколокальное бытование.