Фамилия Гнидковские — это вариант фамилии Гнидковский, и её разбор стоит начать не с прозвища, а с модели образования. Суффикс -ск- указывает на типично польскую или украинскую шляхетскую традицию: такие фамилии часто получали владельцы поместий или выходцы из конкретного села. В данном случае основа — Гнидко- (с возможным чередованием д/т), а окончание -ский/-цкий в мужском роде превращалось в -ские для целого рода. То есть Гнидковские — это «те, кто из рода Гнидка» или «живущие в урочище, связанном с прозвищем Гнидкий».

Само прозвище Гнидкий, вопреки возможному ассоциативному ряду, не имеет отношения к «гнидам» (паразитам). Оно восходит к украинскому прилагательному «гнідий» — «гнедой», то есть тёмно-рыжий (масть лошади). Вероятнее всего, прозвище закрепилось за человеком с ярко-рыжими волосами или за владельцем коней гнедой масти. В пользу первой версии говорит то, что в славянской традиции цвет волос часто становился основой для прозвища (ср. Рыжов, Чернов). Вторая версия — хозяйственная: если у крестьянина или мелкого шляхтича все лошади были одной масти, его могли прозвать Гнидким по доминирующему признаку хозяйства.

Любопытная деталь: древнейшее упоминание однофамильца — крестьянин Иван Гнида (1500 год, Новгород). Это имя-прозвище, записанное в северных русских землях, показывает, что корень «гнид-» бытовал задолго до появления фамилии. Однако фамилия Гнидковские, скорее всего, сформировалась на украинских или белорусских землях Речи Посполитой, где модель на -ский была массовой. В Великом княжестве Литовском, куда входили эти территории, прозвище Гнидкий могло попасть в официальные документы как наследственное, а затем обрасти фамильным суффиксом.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно — процесс растянулся на века. Но сам факт сохранения архаичного корня «гнідий» и перехода его через прозвище в фамилию делает Гнидковских ценным памятником славянской антропонимии: он фиксирует диалектное слово, почти исчезнувшее из живого языка.