Фамилия Гнидко звучит неблагозвучно для современного уха, но её корни ведут не к мелкому паразиту, а к коню. В основе лежит украинское прилагательное «гнiдий» — «гнедой», то есть тёмно-рыжий, с чёрными гривой и хвостом. Это конская масть, и именно она дала прозвище Гнида.

Прозвище это, скорее всего, было связано с внешностью. Гнедым (или Гнидой) нарекали человека с ярко-рыжими волосами — настолько насыщенного медного оттенка, что сравнение с лошадиной мастью казалось уместным. Реже прозвище могло указывать на род занятий: так могли назвать владельца конюшни или страстного любителя лошадей именно гнедой масти. В любом случае, первоначальное значение не имело ничего общего с насекомым — это случайное звуковое совпадение.

Древнейшее известное упоминание родственного именования относится к 1500 году: в новгородских землях жил крестьянин Иван Гнида. Это показывает, что прозвище бытовало ещё в XV веке, причём в северорусских землях, что говорит о его широком распространении, а не только в украинской среде.

Фамилия Гнидко образована по типичной восточнославянской модели: к основе «Гнид-» добавили суффикс «-к-» (уменьшительный или принадлежностный) и окончание «-о». Такая форма характерна для украинских и южнорусских фамилий, где суффикс «-ко» часто оформлял прозвища в фамилии. Таким образом, Гнидко — это буквально «потомок Гниды», где исходное прозвище закрепилось за родом как родовое имя.