Фамилия Гнидий — один из тех редких случаев, где прозвище могло быть не оскорбительным, а профессиональным. В основе лежит прилагательное «гнилой» или существительное «гниль», но не в прямом бытовом смысле. У слова «гнилой» в русских говорах было и специальное значение: так называли болотистую, топкую почву, а также человека, живущего на такой земле или занимающегося осушением болот. В псковских и новгородских диалектах «гнилью» именовали сырое место, поросшее мхом, — неудобную для пашни, но пригодную для выпаса скота землю. Поэтому первый носитель фамилии мог получить прозвище Гнидий не за дурной характер, а за то, что его надел располагался на «гнилой» низине, или за то, что он расчищал такие участки под сенокос.

Суффикс -ий в фамилии Гнидий — древняя модель притяжательных прилагательных, характерная для украинской и южнорусской ономастики (ср. Долгий, Широкий, Черный). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (сын Гнида → Гнидов), форма Гнидий означает «тот, кто гнилой» как устойчивый признак. В украинской традиции такие фамилии часто закреплялись за прозвищами, описывающими внешность или местность, и не меняли окончания в зависимости от сословия — их носили и казаки, и крестьяне.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «гнида» — так в некоторых областях называли мелкую вошь. Однако прозвище от паразита редко становилось фамилией без уменьшительного суффикса (Гнидкин, Гниденко), тогда как форма Гнидий тяготеет к описанию качества, а не предмета. Поэтому версия с «гнилым» местом или болотом представляется более обоснованной.

Фамилия встречается прежде всего на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Львовской областях, а также среди потомков украинских переселенцев в Краснодарском крае и на Дону. В центральной России почти не фиксируется, что подтверждает её юго-западное происхождение. В документах XVIII–XIX веков Гнидии записаны среди казаков Черниговского полка и мещан местечка Овруч — то есть носители не принадлежали к дворянству, а были свободными сельскими жителями или ремесленниками.

В целом фамилия Гнидий — хороший пример того, как за неблагозвучной оболочкой может скрываться совершенно практичная история: предок мог быть первопроходцем, осваивавшим сырые земли, или просто жил на болотистом хуторе, и это закрепилось в родовом имени.