Фамилия Гниденко — типичный пример украинской модели образования от прозвища. Её основа — «Гнид-», а суффикс «-енко» указывает на сына или потомка человека с таким прозвищем. То есть Гниденко — это «сын Гнидия» или «потомок Гнидия».

Само прозвище Гнидий восходит к украинскому прилагательному «гнiдий» — гнедой. Гнедой мастью называют коней с тёмно-рыжим корпусом и чёрными ногами и гривой. Прозвище могли дать человеку с насыщенным медно-рыжим цветом волос — внешний признак, который бросался в глаза. Но есть и другая версия: Гнидим называли того, кто держал лошадей только гнедой масти, то есть прозвище отражало хозяйственную особенность.

Древнейшее родственное именование встречается в новгородских документах 1500 года — там упомянут крестьянин Иван Гнида. Это говорит о том, что корень «гнид-» в личных именах и прозвищах существовал на русском северо-западе задолго до того, как фамилии закрепились в украинских землях. В украинской среде прозвище Гнидий, скорее всего, бытовало в казацких и крестьянских кругах, где коневодство и масти лошадей имели практическое и символическое значение.

Фамилия Гниденко распространена прежде всего на Украине и в южных регионах России. Её не стоит путать с фамилией Гнида, которая образована без патронимического суффикса и могла иметь другое, менее благозвучное значение (от слова «гнида» — вошь). В случае с Гниденко этимология прозрачно связана с цветом, а не с паразитами, хотя в народной этимологии иногда возникает путаница.