Фамилия Гниденко, вероятно, происходит от прозвища Гнидий, которое восходит к украинскому прилагательному «гнiдий», то есть «гнедой». Гнедой — это темно-рыжий окрас лошади, но может использоваться и как прозвище, данное человеку с необычайно насыщенным медно-рыжим цветом волос. Поэтому, прозвище Гнидий, скорее всего, указывало на внешние признаки человека. Но возможно также, что Гнидим называли человека, в хозяйстве которого были лошади только гнедой масти. Древнейшие упоминания о родственных именованиях отсылают к 1500 году: именно в это время в Новгороде проживал крестьянин Иван Гнида. Так и прозвище Гнидий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гниденко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнидий, со временем получил фамилию Гниденко.