Фамилия Гнидкин образована от прозвища Гнидка. По одной из версий, оно ведет свое начало от украинского прилагательного «гнiдий» - «темно-рыжий». Вероятно, прозвище Гнидка содержало указание на особенности внешности основателя фамилии (рыжие волосы). Согласно другой гипотезе, прозвище Гнидка восходит к слову «гнида» в значении «яйцо вши». В таком случае Гнидка – это, скорее всего, охранительное внутрисемейное прозвище, выполняющее функцию оберега. В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Гнидкой. Древнейшие упоминания о родственных именованиях отсылают к 1500 году: именно в это время в Новгороде жил крестьянин Иван Гнида. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнидка, со временем получил фамилию Гнидкин.