Фамилия Гнидкины ведет начало от прозвища Гнидка. Прямой, самый очевидный смысл — «гнида», яйцо вши. Но звучит это грубо лишь на первый взгляд. В древнерусской традиции такие прозвища были охранительными, обережными: родители нарекали ребенка Гнидкой, чтобы отвести от него настоящую беду. Считалось, что злые силы не позарятся на того, кого назвали ничтожным, и мальчик вырастет здоровым и крепким. Эта практика — называть детей «плохими» словами — хорошо известна этнографам.

Есть и вторая версия. Украинское прилагательное «гнiдий» означает «темно-рыжий», масть лошади. Прозвище Гнидка могло указывать на рыжий цвет волос или на смуглую кожу основателя рода. В говорах слово «гнидка» иногда относили и к лошадям определенной масти — такой вариант тоже возможен.

Древнейшее упоминание родственного имени отсылает к 1500 году: в Новгороде жил крестьянин Иван Гнида. Это одно из ранних свидетельств, что корень был в ходу задолго до закрепления фамилий. Суффикс -ин в фамилии Гнидкины указывает на принадлежность: «чей?» — Гнидкин, то есть сын или потомок Гнидки. Такая модель типична для северных и центральных русских земель.

Фамилия нечастая, но устойчивая. Её носители встречаются в разных регионах, что говорит о независимом возникновении в нескольких местах. Точное время и место появления конкретной ветви Гнидкиных можно установить только через архивные разыскания, но общая картина ясна: перед нами древнее прозвище, прошедшее путь от оберега или описания внешности до фамильного имени.