Фамилия Гнидковский образована по типичной для польской и западнорусской знати модели: к основе Гнидк- добавился суффикс -овск-, который указывает на принадлежность к роду или владению. В буквальном смысле Гнидковский — «сын или потомок Гнидкого». Само прозвище Гнидкий, от которого пошла фамилия, восходит к украинскому прилагательному «гнiдий» — «гнедой». Так на Руси называли лошадей темно-рыжей, медно-красной масти, и это же слово перешло на человека.

Чаще всего Гнидким прозывали человека с ярко-рыжими волосами — настолько насыщенного оттенка, что он напоминал масть коня. Однако возможна и другая версия: прозвище мог получить хозяин, державший табун исключительно гнедых лошадей, или же конюх, который за ними ухаживал. В любом случае, в основе лежит не бранное слово, а цветовая характеристика.

Древнейшее упоминание родственного прозвища относится к 1500 году: в новгородских писцовых книгах записан крестьянин Иван Гнида. Это показывает, что корень бытовал на северо-западе Руси задолго до того, как оформилась фамилия. Со временем прозвище Гнидкий закрепилось за родом и перешло в наследственное именование, а суффикс -овский превратил его в дворянскую или шляхетскую фамилию. Встречается она преимущественно на западе современной Украины и в Беларуси — на землях, где была сильна польская ономастическая традиция.