Фамилия Гнидкина хранит память о прозвище предка — Гнидка. Его происхождение неоднозначно, и у лингвистов есть две основные версии. Согласно первой, в основе лежит украинское прилагательное «гнiдий» — «темно-рыжий». Прозвище Гнидка в таком случае указывало на внешность: рыжие волосы или рыжеватый оттенок кожи. Вторая гипотеза отталкивается от слова «гнида» — яйцо вши. Здесь срабатывала древняя славянская традиция охранительных имён. Родители нарекали ребёнка Гнидкой, чтобы обмануть злых духов: мол, кто позарится на такого «неказистого» малыша? Считалось, что подобное имя-оберег убережёт от болезней и сглаза, а ребёнок вырастет здоровым и крепким.

Древнейшее документальное подтверждение родственного имени относится к 1500 году: в Новгороде жил крестьянин Иван Гнида. Отчество от прозвища Гнидка и дало фамилию Гнидкин, а её женская форма — Гнидкина — закрепилась за потомками по женской линии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Гнидкин», то есть сын или дочь Гнидки. Фамилия эта редкая, и её носители могут с полным правом считать себя хранителями кусочка древней семейной истории, где за одним прозвищем стоит и народная наблюдательность, и языческая вера предков.