Фамилия Гнидобор — редкий случай, когда прозвище сохранило свою внутреннюю форму почти без изменений. Она образована по модели сложения двух основ: «гнида» (гнида — яйцо вши, а в переносном смысле — ничтожный, докучливый человек) и глагольной части «-бор» (от «бороть», то есть побеждать, одолевать). Перед нами прозвище-композит, характерное для русской ономастики XVI–XVII веков, когда именования вроде Гнидобор, Горемыка, Пустозвон давались по яркой бытовой или поведенческой черте.

Самый прямой смысл — «тот, кто борет гнид», то есть истребитель вшей. В крестьянском и посадском быту, где гигиена была делом непростым, умение выводить паразитов ценилось, и за человеком могло закрепиться шутливое или уважительное прозвище. Вторая версия — переносная: «Гнида» как обидное прозвище для мелкого, вредного или слабого человека, а «Гнидобор» — тот, кто такого «побеждает», то есть задира или спорщик. Однако первая версия выглядит правдоподобнее: прозвища, описывающие конкретное занятие или действие, встречаются чаще, чем абстрактные.

Суффикс в фамилии нулевой — она осталась в чистой форме прозвища, без типичных патронимических суффиксов -ов/-ев, -ин. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в форме прямого прозвища (Гнидобор) и не проходить стадию «сын Гнидобора». Такое нередко случалось на Русском Севере и в Сибири, где фамилии часто фиксировались в исходном виде. Географически фамилия встречается единично, в основном в центральных и южных областях России, но не образует гнезда — это говорит о её позднем и локальном происхождении, возможно, от одного прозвища.

В словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии с корнем «гнид-» не выделяются в отдельную группу, но сама модель сложения «основа + -бор» известна: ср. Грибобор, Мухобор. Гнидобор — один из тех редких русских антропонимов, где прозвище не стёрлось до неузнаваемости, а сохранило иронию и бытовую конкретику XVII века.