Фамилия Гниненко образована от имени Гниня. Оно, скорее всего, представляет собой производную форму имени Игнатий, которое в переводе с латинского означает «огненный». Оно было довольно распространено у славян, поскольку часто встречалось в святцах: в истории православия известно 14 святых покровителей имени Игнатий. Согласно преданию, во младенчестве его брал на руки сам Иисус, за что святой и получил прозвище Богоносец. Возможно также, что имя Гниня является производной формой имени Агний, что в переводе с греческого означает «чистый, непорочный». Таким образом, потомок человека, которого звали Гниня, со временем получил фамилию Гниненко. Так, в документах упоминается Григорий Иванович Гниненко, родившийся в 1906 году в Таганроге.