Фамилия Гниненко в своей основе имеет разговорное имя Гниня. Скорее всего, это не связано с гниением, а является народной, сокращённой формой канонического имени Игнатий. Игнатий переводится с латинского как «огненный»; имя было распространено у славян благодаря частому упоминанию в святцах — известно 14 святых покровителей с этим именем. По преданию, одного из них, Игнатия Богоносца, в детстве брал на руки сам Иисус Христос. Есть и другая версия: имя Гниня могли образовать от Агния (от греческого «чистый, непорочный»).

Фамилия построена по типичной украинской или южнорусской модели с суффиксом -енко, который первоначально означал «сын» или «потомок». Таким образом, Гниненко — это «сын Гнини». В документах встречается, например, Григорий Иванович Гниненко, родившийся в 1906 году в Таганроге. В отличие от многих фамилий на -енко, эта не привязана к какому-то одному региону: её носители встречаются и в Ростовской области, и на Кубани, и в центральной России.