Фамилия Гнитиенко — характерный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, означает «сын» или «потомок»: Гнитиенко — буквально «сын Гнития». В основе фамилии лежит прозвище Гнитий, и его значение — не такое однозначное, как может показаться на первый взгляд.

Самая прямая версия связывает прозвище с украинским глаголом «гнити» — «гнить, прогнивать». Вряд ли речь шла о болезни или нечистоплотности: в народной среде так могли прозвать человека, жившего в сырой, болотистой местности. Топкое, гниющее место называли «гнилью» или «гнитием», и житель такого места получал соответствующее прозвище. Таким образом, фамилия могла указывать на особенности ландшафта, где обосновался род.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Она отталкивается от украинского глагола «гнітити» (в старой орфографии — «гнiтити»), что значит «давить, угнетать, притеснять». В этом случае прозвище Гнитий могло достаться человеку с тяжёлым, деспотичным нравом — тому, кто «гнёт» окружающих. Либо, наоборот, человеку, которого сама жизнь «гнетила» — бедному крестьянину, много страдавшему от притеснений и невзгод.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гнитенко, Гнитик, Гнилой) показывает, что корень гнит- устойчиво связывается с сыростью и болотом, а не с угнетением. Поэтому первая версия — о болотистой местности — выглядит более правдоподобной и типичной для украинских фамилий, часто «привязанных» к месту жительства. Прозвище Гнитий со временем закрепилось как родовое имя, а его потомки стали писаться как Гнитиенко — по отцу.