Фамилия Гноянко звучит необычно, и её происхождение — не из очевидных. Скорее всего, она украинская, на что указывает суффикс -енко. Это типичный патронимический формант, который в XVI–XVIII веках закрепился на землях современной Центральной и Восточной Украины. Он означал «сын» или «потомок»: Гноянко — буквально «маленький Гной» или «сын Гноя».

Основа фамилии — Гной (или Гнойа). В украинском языке слово «гній» означает то же, что и в русском, — перегной, навоз. Но прозвище Гной вряд ли давали за нечистоплотность. В народной среде такие «земляные» имена часто получали крестьяне, работавшие с землёй и удобрениями, или же люди, имевшие отношение к кожевенному делу (где использовались навозные растворы для выделки шкур). Кроме того, в диалектах слово «гной» могло означать «нарыв», «чирей», и прозвище могло закрепиться за человеком с болезненной кожей или за знахарем, который такие нарывы лечил.

Версия о происхождении от канонического имени маловероятна: среди православных имён нет ничего похожего на «Гной». Скорее, это чисто бытовое прозвище, которое со временем стало фамилией. Вариант написания с -я- (Гноянко, а не Гноенко) может указывать на южноукраинские говоры или на то, что прозвище звучало как «Гнойа» (с окончанием -а, как у многих украинских имён: Микола, Ілля).

Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах почти не встречается. Основной ареал — вероятно, Полтавская, Черниговская или Харьковская губернии, откуда шла основная волна фамилий на -енко. В современной России носители Гноянко — это, скорее всего, потомки переселенцев с Украины времён Столыпинской реформы или советских миграций. Сословно предки были крестьянами или казаками, поскольку фамилии на -енко у дворян и духовенства почти не встречались.