Фамилия Гнояная — редкий случай, когда основа прямо указывает на физическое состояние или болезнь, а не на профессию или имя. В её основе лежит древнерусское слово «гной» — не только в современном медицинском смысле, но и в более широком: «гниль», «нечистота», «язва». Прозвище Гной, Гнояный могли дать человеку, страдавшему от долго незаживающих ран, кожных язв или гнойных воспалений. В средневековой Руси с её антисанитарией и частыми травмами такие прозвища были не редкостью — они фиксировали внешний признак, который бросался в глаза соседям.

Форма Гнояная — это не мужская фамилия с окончанием -ая, а именно женская. В русской традиции фамилии на -ая/-яя (Гнояная, Грязная, Косолапая) образовывались от прилагательных и могли принадлежать как женщинам, так и целым семьям в южнорусских и украинских говорах. В отличие от стандартных -ов/-ев, такие фамилии не указывали на отчество, а сразу описывали род: «семья того, кого звали Гнояным». Встречается она преимущественно в областях, где говорят на суржике или украинских диалектах — на границе России и Украины, в Белгородской, Курской, Воронежской областях, а также на юге Украины.

Словообразовательная модель проста: основа «гной» + суффикс прилагательного -ян- (сравните: «глиняный», «деревянный») + окончание -ая. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Гноя́ная. В дореволюционных документах фамилия могла писаться и через «ё» — Гноёная, что встречается в метрических книгах XIX века, но это вариант одной и той же основы.

Однокоренные фамилии — Гноев, Гнойный, Гноевой — тоже нередки, но Гнояная стоит особняком из-за своей «женской» формы. В отличие от Гноева, где суффикс -ев указывает на «сына Гноя», Гнояная могла закрепиться за вдовой или дочерью, чьё прозвище перешло в фамилию без изменения. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как характерные для юга России, где притяжательные прилагательные дольше сохранялись в быту.

Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или однодворцами — людьми, жившими на границе Дикого поля, где травмы и болезни были обычным делом. Дворянских родов с такой основой не зафиксировано: прозвище было слишком «низким» для гербовых книг. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая — её можно найти в списках сельских советов Черноземья.