Фамилия Годомський звучит на польский или западноукраинский лад, хотя встречается и в восточнославянской среде. Её основа — топоним Годомь или Годом. В Польше и на Волыни есть несколько сёл с названием Годом (Godom), а также деревня Годомы (Godomy). Фамилию образовали по типичной для шляхты и духовенства модели: к названию места прибавили суффикс -ский/-цький, указывающий на принадлежность или происхождение. Носитель фамилии — человек из Годома или владелец тамошнего имения.

Менее вероятная, но возможная версия отводит корень к личному имени Годом, которое могло быть краткой формой от Годослав, Годомир или другого славянского имени с компонентом «год» (в значении «годиться, угождать»). Однако для фамилий на -ский такой путь нетипичен: они почти всегда привязаны к географическому объекту, а не к имени отца.

Интересная деталь — написание через «о» в первом слоге. В польском языке ударение падает на предпоследний слог, поэтому Годомський звучит с ударением на «ом». В русской передаче ударение часто смещается на последний слог: Годомський. Если бы фамилия образовалась от названия Годомь (с мягким знаком), в польской записи было бы Godomski, а в русской — Годомский. Форма Годомський с мягким знаком — украинизированный или белоруссизированный вариант, указывающий на то, что предки жили на территории современной Украины или Беларуси, где польские фамилии адаптировали под местное произношение.

Сословное происхождение фамилии точно не определить. Носители Годомських могли быть как мелкой шляхтой, так и крестьянами, получившими фамилию по названию деревни, где жили. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия встречается в Волынской и Киевской губерниях, что подтверждает западное происхождение.