Фамилия Гоенко восходит к украинскому глаголу «гоiти» - «лечить». Таким образом, прозвище Гоений мог получить лекарь, либо знахарь. Суффикс –енко также указывает на восточно-украинские корни фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гоений, со временем получил фамилию Гоенко.