Фамилия Гогишев — редкий случай в русском ономастиконе, где основа не славянского происхождения, а тюркского или иранского. Её ядро — имя или прозвище Гогиш. Скорее всего, это производная форма от имени Гоги, которое в свою очередь восходит к тюркскому «кёк» (небо, синий) или к арабскому имени Гоги (встречается у народов Кавказа и Поволжья). Суффикс -ев указывает на русскую патронимическую модель: Гогишев буквально означает «сын Гогиша» или «потомок Гогиша». Формально фамилия образована как притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?».

Вероятнее всего, предки носителей этой фамилии жили в зоне контакта славянского и тюркского миров — на юге России, в Поволжье или на Северном Кавказе. Там подобные имена легко адаптировались, обрастая русскими суффиксами. Сословно Гогишевы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками, перенимавшими имена от соседей. Встречается фамилия и среди горских евреев, где имя Гогиш — вариант библейского Гога или уменьшительное от Гоги (в значении «высокий, могучий»).

Примечательно, что фамилия не получила широкого распространения в центральной России. Её носители сосредоточены в северокавказских республиках, а также в Ростовской области и Краснодарском крае. Это указывает на локальный характер фамилии: она не размылась по стране, а сохранила привязку к региону, где имя Гогиш было обиходным.

С точки зрения словообразования, Гогишев стоит в одном ряду с фамилиями типа Акишев, Батищев, Кулишев — все они образованы от разговорных форм личных имён, часто восточного корня. Суффикс -ев здесь типичен для фамилий на шипящую основу (Гогиш + ев), что автоматически делает фамилию русской по форме, но не по происхождению основы.