Фамилия Гогоненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький» или «потомок». В буквальном смысле Гогоненко — это «маленький Гогонь» или «сын Гогони». Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером украинской фамилии, распространённым на Левобережной и Слободской Украине, а позже — на Кубани и Дону.

Основа фамилии — прозвище Гогонь. Его происхождение спорное. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «гоготать» — громко смеяться, кричать, издавать резкие звуки. В украинских говорах «гогоніти» означало «гоготать» (о гусях) или «громко говорить». Соответственно, прозвище Гогонь могли дать человеку с громким голосом, крикливому или хохотливому. В этом же ряду — фамилии Гоголь, Гогота, Гоголев. Есть вторая, менее убедительная версия: от имени Агафон (в народной форме Гогон), через усечение и переосмысление. Но она слабая, потому что от Агафона закономерно образовались бы фамилии Агафонов или Гафонов, а не Гогоненко.

Ударение в фамилии — на второе «о»: Гого́ненко. Встречаются варианты с ударением на последний слог, но это влияние разговорной речи. Географически фамилия тяготеет к Полтавской и Черниговской областям, а также к Краснодарскому краю (куда потомки переселились в конце XIX века). В дореволюционных переписях Гогоненко — почти исключительно крестьяне и казаки, никаких дворянских ветвей не зафиксировано.

Словообразовательная модель проста: корень Гогон- + суффикс -енко. В русском языке суффикс утратил уменьшительное значение и закрепился как фамильный. Родственные фамилии: Гогонов, Гогота, Гоголев. Но Гогоненко — чисто украинский вариант, который не мог возникнуть в великорусских землях.