Фамилия Гогонова — женская форма, мужской вариант — Гогонов. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Гоган, Гогон или Гогун. Словообразовательная модель здесь простая: к основе на твёрдый согласный добавляется суффикс -ов, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ.

Корень «гог-» в русских говорах многозначен. В. Даль фиксирует слово «гоголь» — птица, а также переносное значение «щеголь, франт». «Гогой» или «гоганом» могли назвать человека с характерной походкой или осанкой — вспомните выражение «ходить гоголем», то есть важно, с гордо поднятой головой. Но есть и другая версия: в некоторых диалектах «гоготать» означало громко смеяться или кричать. Тогда Гогоном могли прозвать говорливого, шумного человека.

Нельзя исключать и тюркское влияние. В татарском и башкирском языках есть слово «гоган» (или «куган») — так называли кувшин, сосуд. Прозвище Гоган могли дать гончару или человеку с округлой фигурой. Эта версия правдоподобна, если фамилия встречается в Поволжье или на Урале, где русские и тюркские народы веками жили рядом.

Географически фамилия Гогонов не относится к массовым. По данным открытых источников, она встречается в центральных областях России, а также в Северной Осетии — там её могли получить потомки осетин, у которых имя Гог (или Гога) — краткая форма от Георгия, а суффикс -ов добавили при русификации.

Таким образом, носитель фамилии Гогонова может быть потомком либо статного щёголя, либо громкоголосого весельчака, либо мастера-гончара — в зависимости от того, в какой местности жили её первые обладатели.