Фамилия Гогон — редкая, но её происхождение прочитывается достаточно ясно, если отбросить ожидание типичного русского суффикса. В основе лежит прозвище или мирское имя Гогон, которое, скорее всего, образовано от глагола «гоготать» — издавать резкие, гортанные звуки, напоминающие гогот гусей. В русских говорах «гогон» могло означать крикливого, шумного человека, задиру или просто того, кто говорит громко и отрывисто. Вторая, менее очевидная версия, — связь с диалектным «гогона» (гоголь, утка-нырок), то есть прозвище по повадке: человек, который ходит вразвалку или любит «нырять» в споры.

Фамилия стоит без типичного фамильного суффикса, что для русской традиции необычно, но встречается у прозвищ, застывших в форме именительного падежа. Такая модель характерна для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -о, -а, -он не редкость. Поэтому географически фамилия Гогон могла закрепиться на западе России, в Беларуси или на Украине, где прозвища часто переходили в фамилии без дополнительных формантов. В русских землях её могли «русифицировать», добавив суффикс: Гогонов, но вариант Гогон сохранился как архаичный или как свидетельство того, что предок был выходцем из юго-западных регионов.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что не даёт подсказки о сословии или ремесле — она чисто прозвищная, описывающая характер или поведение. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобных примеров с корнем «гог-» нет в числе типовых, что подтверждает её редкость. Носитель фамилии Гогон может с высокой вероятностью считать, что его предок был заметным человеком в своей деревне — либо крикливым говорун, либо тот, кого дразнили за походку или голос.