Фамилия Гоина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма указывает на то, что перед нами не стандартная русская модель на -ов/-ев или -ин, а скорее украинская, белорусская или южнославянская. Окончание -а при склонении по падежам (Гоины, Гоине) и ударение, которое чаще всего падает на второй слог — Гои́на, — выдают в ней фамилию, образованную от прозвища или имени без дополнительного суффикса принадлежности.

Корень «гой» — древний и многозначный. В древнерусском языке «гой» означало «жизнь, здоровье, сила». Отсюда известное приветствие «гой еси» — пожелание здоровья и благополучия. Прозвище Гой мог получить здоровяк, крепыш или человек, отличавшийся жизненной силой. В украинском и белорусском языках слово «гой» сохранило похожий смысл — «лекарь, знахарь», тот, кто «гоит», то есть лечит, заживляет раны. Таким образом, предок мог быть либо физически крепким человеком, либо народным целителем.

Вероятнее всего, фамилия Гоина сформировалась в среде украинского или белорусского казачества или крестьянства. На это указывает и тип фамилии (без патронимического суффикса), и географическая привязка: фамилия встречается на западе Украины, в Полесье и в южных областях Беларуси. В России она редка и чаще всего принадлежит потомкам переселенцев из этих регионов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с румынским или молдавским словом «goi» (голый, лысый). В Молдове и на Буковине фамилия Гоина могла возникнуть как прозвище лысого или бедно одетого человека. Однако эта гипотеза уступает славянской, поскольку словообразовательная модель на -ина в славянских языках гораздо типичнее для прозвищ, чем для заимствований из романских языков.

Социальный статус носителей фамилии, скорее всего, был простонародным. Гоина — не дворянская фамилия, не купеческая. Она не встречается в родословных книгах Российской империи. Её носители — это крестьяне, казаки, мещане, которые получили фамилию по личному прозвищу, а не по отцу или профессии.