Фамилия Голеня — редкий пример, где прозвище закрепилось в форме, указывающей на прямое родство: буквально «сын Голи». Основа здесь — прозвище Голь, которое в древнерусском языке означало «бедность, нищета». Скорее всего, его давали человеку небогатому, но есть и другая версия: Голью могли назвать ребёнка нарочно, в качестве оберега, чтобы злые силы не позарились на достаток — мол, в семье и так ничего нет. Надеялись, что мальчик вырастет обеспеченным вопреки прозвищу.

Словообразовательная модель нестандартна. Если бы фамилия образовалась напрямую от прозвища Голь, мы бы получили Голев (с суффиксом -ев) или Голин (с суффиксом -ин). Но форма Голеня — это по сути старая русская патронимическая конструкция, где суффикс -еня указывает на принадлежность: «Голеня» = «Голин сын». Такие фамилии на -еня встречаются нечасто и обычно сохраняются в северных и центральных говорах, где дольше держались архаичные модели именования.

Важный исторический след оставил князь Фёдор Иванович Голеня Ростовский, живший в начале XV века. Его прозвище Голеня перешло к потомкам — князьям Голениным. Это один из тех случаев, когда фамилия знатного рода образовалась от личного прозвища, а не от названия вотчины. Позже прозвище Голь, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его и в быту, и в документах.

Не исключено, что в основе прозвища лежит и другое значение слова «голь» — «выжженное, очищенное от леса место», «гарь». В таком случае прозвище могло указывать на место жительства: человек, живший на такой поляне, получал имя по местности. Однако связь с бедностью встречается в источниках чаще, и именно её ономасты считают основной версией.

Фамилия Голеня — штучная, географически привязана в основном к западу и югу России, а также к Беларуси. Встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет историю своего рода — здесь почти нет путаницы с массовыми однофамильцами.