Фамилия Голопупуенко сразу привлекает внимание своей откровенностью. Её основа — прозвище Голопу́пый, то есть «с голым пупом». В русских говорах так могли назвать бедняка, у которого одежда на животе распахивалась или была настолько ветхой, что не прикрывала тело. Но возможен и другой, менее буквальный смысл: «голопузым» в диалектах называли не только нищего, но и босого, раздетого ребёнка или несерьёзного, простоватого человека. Таким образом, прозвище могло относиться и к внешнему виду, и к характеру.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии. В восточной и южной Украине фамилии на -енко обычно означали «сын такого-то» или «потомок». Голопупуенко — буквально «сын Голопупа» или «потомок того, кого прозвали Голопупым». Такая модель особенно распространена в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в Поднепровье. Встречаются варианты с другим суффиксом: Голопупов (русская форма) или Голопуцкий (польская или белорусская адаптация), но Голопупуенко — наиболее характерный именно для украинской ономастики.

Сам корень «гол-» (от «голый») и «пуп» образуют прозвище, которое в старину не считалось обидным — скорее бытовым, описательным. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные примеры разбираются как типичные для фамилий-прозвищ, возникших из наблюдений за внешностью или поведением человека. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям — это крестьянская или казачья фамилия, каких много на юге России и Украине.

С географической точки зрения, фамилия редкая. Её носители встречаются в основном в Украине и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Ростовская области), а также в среде украинской диаспоры. Поскольку фамилия прозрачна по смыслу, она почти не подвергалась искажениям при записи, но в документах XIX века могла писаться через «а» — Галапупуенко, под влиянием акающих говоров.

Таким образом, Голопупуенко — это фамилия-характеристика, возникшая в украинской среде, скорее всего, в XVII–XVIII веках. Она сообщает, что предок носителя был человеком небогатым или простодушным, и это прозвище закрепилось за его потомками. Никакой тайны или заимствования здесь нет — только прямое, почти насмешливое народное слово, ставшее фамилией.