Фамилия Голопуп — один из ярких примеров так называемых «бытовых» прозвищ, которые в старой Руси давали без обиняков. Основа здесь прозрачна: прилагательное «голый» и существительное «пуп». Прямое значение — «голопузый», то есть человек с голым, неприкрытым животом. В крестьянском быту такое прозвище мог получить ребёнок или бедняк, который ходил в рваной одежде, не прикрывающей тело, либо просто тот, кто не носил пояса — важного элемента традиционного костюма. Иногда прозвище закреплялось за неопрятным или нерадивым человеком.

Модель образования фамилии — нулевая суффиксация. В отличие от фамилий на -ов (Голопупов) или -ин, здесь в основу легло само прозвище в чистом виде, без притяжательного суффикса. Такая форма характерна для украинской и южнорусской ономастики. В украинском языке фамилии без суффикса — обычное дело: Голопуп, Голобородько, Непийвода. Поэтому с высокой долей вероятности носители фамилии Голопуп имеют корни в Малороссии или на южных окраинах Московского государства, где украинское влияние было сильным.

В русских переписных книгах XVII века встречается форма «Голопупов» — от неё и пошли более стандартизированные варианты. Фамилия без суффикса, Голопуп, могла сохраниться у тех, кто не попал под церковную унификацию или жил на землях Речи Посполитой, где писали по-простому. Встречается и вариант Голопуц, с характерной украинской заменой «п» на «ц» в некоторых говорах.

Сословно предки-Голопупы, скорее всего, были крестьянами или казаками. Прозвище не несёт ни дворянского, ни духовного оттенка — это чисто народное именование по внешнему признаку. В современных справочниках фамилия редкая, встречается в основном в Украине и в южных областях России, а также у потомков переселенцев на Кубани.

Если сравнивать с однокоренными: Голопузов (от «голопузый») — более распространённый аналог, а Голопуп — его архаичная, более прямая форма, где «пуп» выступает синонимом живота в народной речи. Разница в суффиксе как раз и выдаёт разную региональную традицию оформления фамилий.