Фамилия Голопупэнко — яркий случай, когда прозвище, легшее в основу, настолько выразительно, что почти не требует расшифровки. Перед нами типично украинская модель с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках активно формировал фамилии в казацкой среде. Этот суффикс означал «сын» или «потомок»: Голопупэнко — буквально «сын Голопупа» или «маленький Голопуп». Само же прозвище Голопуп — составное, от слов «голый» и «пуп». Скорее всего, его давали человеку, который ходил с голым животом, не прикрывая рубахой пупок. В условиях суровой малороссийской зимы или осени это выглядело либо крайней бедностью — нечем прикрыть тело, — либо, наоборот, вызывающей беспечностью и пренебрежением к холоду.

В украинской ономастике составные прозвища с корнем голо- встречаются часто: Голобородько, Головань, Голокоз. Но «голопупий» звучит особенно колоритно и даже несколько снисходительно-насмешливо. В казачьей среде, где ценились сила, юмор и самоирония, такое прозвище могло закрепиться за удальцом, который не боялся щеголять в рваной одежде, или за человеком с заметной физической особенностью. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в основном закрепились у великорусского дворянства и крестьянства центральной России, фамилии на -енко остались маркером украинского происхождения. Голопупэнко — не исключение: её историческое ядро — это южные и центральные регионы Украины, особенно земли бывшей Гетманщины (Черниговщина, Полтавщина, Киевщина).

Встречаются и другие варианты написания: через -а (Голопупанко) или с окончанием -о (Голопупенко). Форма с -о в конце — результат адаптации украинской фамилии в русской среде: так, например, фамилия Шевченко в документах XIX века могла записываться как Шевченко или Шевченков. Голопупэнко с «э» — это попытка передать украинское произношение кириллицей, хотя в бытовой речи фамилия чаще звучит как Голопупенко. Встречается и редкая форма Голопуп — без суффикса, но она менее устойчива.

Несмотря на кажущуюся комичность, фамилия не имеет отношения к скабрезности. В народной культуре «голый пуп» — это скорее образ беззащитности или детскости, чем чего-то неприличного. В современных реалиях носители фамилии Голопупэнко встречаются не только на Украине, но и в южных регионах России, а также в диаспоре — в Канаде и США, куда в конце XIX — начале XX века эмигрировали украинские крестьяне. Известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что неудивительно: прозвище было слишком бытовым и не стремилось в элиту.