Фамилия Головушина — женская форма фамилии Головушин, и её корень лежит в прозвище, а не в родовом имени. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от существительных мужского рода на -а/-я (типа «Гаврила» → Гаврилин), здесь основа — слово «головуша». Это не имя и не профессия, а ёмкое прозвище.

Что такое «головуша»? В русских говорах так могли назвать человека с большой, несоразмерной головой, смышлёного или, наоборот, бестолкового (сравните: «голован», «головастик»). У слов с суффиксом -уш(а) часто пренебрежительный или уменьшительно-ласкательный оттенок, поэтому прозвище могло быть не обидным, а скорее бытовым: «Эй, Головуша, подь-ка сюда». Впрочем, в некоторых диалектах «головушей» называли передовую часть чего-либо или даже головной убор, но это менее вероятная основа для фамилии.

Интересно, что фамилия Головушин встречается не повсеместно, а с заметным тяготением к северо-востоку европейской России — в старых документах по Вятке и Пермской губернии. Там суффикс -уша в прозвищах был особенно живуч. Если ваш предок носил фамилию Головушин, он скорее всего был крестьянином или посадским человеком из тех краёв, а не дворянином — в родословных книгах эта фамилия не отмечена.

Сравните с однокоренными, но более редкими вариантами: Головушкин (с другим суффиксом) и Головухин (с основой «головуха»). Все они — из одного гнезда прозвищ, описывающих внешность или характер по голове. Происхождение фамилии прозрачное: она не таит в себе загадочных корней, но говорит о том, что родоначальника в деревне знали по яркой примете — и это закрепилось в фамилии на века.