Фамилия Гомаюров — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а при ближайшем рассмотрении оказывается прозрачной. В её основе лежит тюркское личное имя Гомай или Гомайыр, которое в свою очередь восходит к арабскому «гумай» — сказочная птица счастья, символ удачи и высокого положения. В татарской и башкирской традиции имя Гомай (Хомай) давали мальчикам с пожеланием счастливой судьбы. Русский суффикс -ов добавили при оформлении фамилии по стандартной модели: «чей?» — Гомаюров, то есть сын или потомок Гомая.

География фамилии указывает на Волго-Уральский регион. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это объяснимо: именно здесь в XIX веке активно шёл процесс русификации фамилий у татар, башкир и мишарей. Фамилия могла закрепиться за представителями служилых татар или торговых людей, которые перенимали русскую форму записи.

Интересна морфологическая деталь: в фамилии сохранился гласный -ю- перед суффиксом, что характерно для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. Гомай + ыров дало бы «Гомайыров», но в разговорной речи и при записи «ы» редуцировалось до «ю», закрепившись в написании. Встречаются варианты Гомаяров и Хомаюров — они отражают диалектное произношение и разную передачу арабского звука «х» через русскую графику.

Сословная принадлежность предков Гомаюровых, скорее всего, была разнородной. В метрических книгах Оренбургской губернии конца XIX века упоминаются как крестьяне, так и мещане с этой фамилией. Редкость фамилии (по данным современных телефонных справочников — не более нескольких сотен носителей) говорит о том, что она не получила массового распространения за пределами исходного ареала и сохранила отчётливую региональную привязку.