Фамилия Гомаюнов — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия, а почти забытое диалектное слово. Её ядро — «гомаюн» или «гамаюн», и здесь сразу возникает развилка: либо перед нами искажённое «гамаюн» — сказочная вещая птица из русских былин, либо, что гораздо прозаичнее, диалектный глагол «гомаюнить» (или «гамаюнить»), означавший «шуметь, галдеть, кричать». В северных и сибирских говорах «гомаюном» называли крикливого, беспокойного человека, горлопана. Прозвище Гомаюн — а оно и легло в основу фамилии — мог получить тот, кто постоянно шумел, спорил или громко командовал, например, на деревенской сходке или в артели. Суффикс -ов превратил прозвище в фамилию по стандартной русской модели: «чей?» — Гомаюнов, то есть сын или потомок Гомаюна.

Версия с птицей Гамаюн (символом мудрости и пророчества) менее вероятна для фамилии. В народной среде сказочный персонаж редко становился прозвищем, тем более что слово «гамаюн» книжное, пришедшее в литературу позже. А вот «гомаюн» в значении «крикун» — живое, бытовое прозвище, которое легко прилипало к человеку. К тому же фамилия Гомаюнов — а не Гамаюнов — подтверждает, что исходное слово звучало с «о», что характерно для северных и среднерусских говоров, где «а» после мягких согласных могло переходить в «о» (оканье).

Географически фамилия редкая и локальная. Основные следы — в Вятской губернии, на Урале и в Сибири, куда переселенцы приносили свой говор. Встречается она и в старообрядческой среде, где прозвища часто закреплялись за целыми родами. Социальный контекст: предки Гомаюновых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, незнатные, но с яркой речевой характеристикой. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.

Если сравнивать с однокоренными — Гамаюнов, Гамаюн, Гомзяков (от «гомза» — суета) — то Гомаюнов стоит особняком: у него нет параллелей в других славянских языках, это чисто русское образование, возникшее на местной диалектной почве. Фамилия не угасла, но осталась штучной — её носителей по России не больше нескольких сотен человек.