Фамилия Гондерук — один из тех случаев, когда корень слова сразу выдаёт профессию или характер предка. В её основе лежит украинский или польский глагол «гондерити» — говорить громко, шумно, ворчать, браниться. Человек, получивший прозвище Гондер, был, скорее всего, неспокойным соседом: крикливым, сварливым, любителем поспорить или покомандовать. В некоторых говорах слово могло означать и просто «ворчун», без агрессии.

Модель образования — типичная для западноукраинских и польских фамилий. Суффикс -ук указывает на принадлежность: Гондерук — сын или потомок Гондера. Такая форма особенно распространена на Волыни, в Подолье и в западных областях Украины, где -ук и -чук заменяют великорусские -ов и -ин. В польском языке аналогом был бы суффикс -ович, но в народной среде прижилась именно украинская модель.

Реже, но стоит упомянуть и альтернативную версию: от немецкого «Gunder» (сокращение от имени Гунтер, Gunther). В период австрийского владычества на западе Украины немецкие имена могли адаптироваться в местной среде. Однако эта гипотеза слабее: нет массовых следов перехода Gunther в Гондер в крестьянской среде, а глагольная основа «гондерити» хорошо документирована в диалектах.

Встречается фамилия и в написании Гондерюк, что связано с чередованием гласных в суффиксе. По сословной принадлежности носители Гондерук почти всегда были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В метрических книгах XIX века её можно найти в сёлах Ровенской и Тернопольской областей.

Сегодня Гондерук остаётся редкой фамилией, сосредоточенной преимущественно на западе Украины и в среде потомков украинских эмигрантов.