Фамилия Гондарук — типичный пример украинской модели образования, где суффикс -ук указывает на родство: так называли «сына» или, шире, потомка человека, носившего прозвище Гондарь. Основа здесь — Гондарь, а -ук — уменьшительно-патронимический суффикс, один из самых распространённых на западе и в центре Украины. Со временем это «Гондарев сын» превратилось в наследственную фамилию, закрепившуюся за целым родом.

Происхождение самого прозвища Гондарь неоднозначно. Самая прямая версия связывает его с диалектным глаголом «гундярить» — говорить в нос, гнусавить. В этом случае прозвище отражало особенность речи первого носителя: он мог быть гнусавым, и окружающие запомнили его по этой черте. Однако есть и вторая, не менее убедительная гипотеза: фамилия Гондарук могла возникнуть как фонетический вариант от Гонтарук. В украинских говорах звуки [д] и [т] часто смешиваются, особенно в позиции перед гласным. Если это так, то основа — не Гондарь, а Гонтарь, восходящая к слову «гонтар» (кровельщик). Тогда предок Гондарук не гнусавил, а крыл крыши — вероятно, дранкой или гонтом. С точки зрения ономастики, обе версии имеют право на существование, но ремесленная (кровельщик) встречается в украинских фамилиях чаще, чем прозвища по дефектам речи.

Географически фамилия Гондарук плотно привязана к западноукраинским регионам — Волыни, Подолью, Галичине. Это не случайно: суффикс -ук именно там давал до 70% всех фамилий. Встречаются и варианты написания — Гондарюк, Гондарук, Гундарук, что лишь подтверждает живую народную этимологию и диалектное разнообразие. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в Российской империи часто присваивались духовенству или крестьянам после ревизий, Гондарук сохранила более архаичную, «документальную» форму: она сложилась естественным путём, когда прозвище отца перешло к детям без участия чиновников.