Фамилия Гондарев отсылает нас к прозвищу предка — Гондарь. В основе этого прозвища лежит диалектный глагол «гундярить», что значит «говорить в нос, гнусавить». Человек с такой манерой речи, невнятной и гнусавой, и получил своё уличное имя. Со временем, при образовании фамилии, произошло историческое чередование гласных: «у» перешло в «о», а «я» — в «а», что дало форму «Гондарь». Потомки этого человека стали писаться как Гондаревы — буквально «из семьи Гондаря».

Однако это не единственная возможная версия. Прозвище Гондарь могло иметь и иное происхождение. В южных и западных говорах, особенно под влиянием украинского и белорусского языков, «гондарь» — это бондарь, мастер по изготовлению бочек. Такое значение слова «гондар» фиксируется в диалектных словарях. Если предок был ремесленником-бондарем, прозвище Гондарь (или Гондар) могло перейти в фамилию практически без изменений. Обе версии лингвистически состоятельны, но первая (от манеры речи) встречается реже и потому придаёт фамилии более яркую, прозвищную окраску.

Суффикс -ев в окончании указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный (в данном случае — на «рь»). Фамилия Гондарев — не самая распространённая, но и не единичная: встречаются её варианты Гондаров, Гондарь, а также родственные Гундарев, Гундоров. Последние прямо сохраняют исходный корень «гунд-» и подтверждают связь с гнусавостью.