Фамилия Гондарева — женская форма, а её мужской вариант Гондарев. В основе лежит прозвище Гондарь, которое на юге России и в Белоруссии означало «бондарь», то есть мастер по изготовлению бочек. Переход «б» в «г» в начале слова — характерная черта южнорусских и белорусских говоров: «бондарь» превращался в «гондарь», «бочка» — в «гочка». Так что Гондарев — это фонетический вариант распространённой фамилии Бондарев.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Гондарев буквально значит «сын Гондаря». Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVII–XIX веков, когда прозвища отца закреплялись за детьми как наследственное имя.

Есть и вторая, менее вероятная версия — от тюркского мужского имени Гондыр или Гондарь, которое могло попасть в русскую среду через татарские или башкирские роды. Но в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) связь с бондарным ремеслом считается основной. Тюркская гипотеза слабее, потому что фамилия плотно привязана к южнорусским областям, где бондарство было массовым промыслом, а татарские корни в этих краях встречаются реже.

Написание через «а» (Гондарев, а не Гондырев) закрепилось под влиянием акающих говоров: безударное «о» произносилось как «а» и со временем перешло в письменную форму. Встречаются варианты Гондаров, Гондаренко, Гондарчук — все они восходят к тому же ремесленному прозвищу.

Предки носительницы фамилии, скорее всего, были ремесленниками-бондарями или крестьянами, получившими прозвище по занятию. Фамилия недворянская, распространена в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае.