Фамилия Гондарчин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с названием профессии. В основе лежит слово «гондарь» — так в южных и западных регионах России, а также на Украине и в Белоруссии называли бондаря, мастера по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной посуды. В центральных и северных областях ту же специальность обозначали словом «бондарь», а на юге прижился вариант «гондарь». Таким образом, Гондарчин — это потомок человека, чьим ремеслом было бочарное дело.

Особенность фамилии — суффикс «-чин». В русской ономастике суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?»), а более редкий вариант «-чин» мог появиться в результате стяжения: от притяжательного прилагательного «Гондарчин» (сын Гондаря), где «-ч-» возникло на стыке корня и суффикса. Сравните: «казак — казачин», «поп — попович». Впрочем, не исключено и украинское влияние: в украинском языке фамилии с суффиксом «-чин» встречаются чаще, и Гондарчин могла быть образована по модели «Гондар + чин» с тем же значением «сын гондаря».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям — Курской, Воронежской областям, Краснодарскому краю, а также к Украине. Встречается и в Белоруссии. Редкость фамилии объясняется тем, что профессиональное прозвище «Гондарь» было менее распространено, чем «Бондарь», а суффиксальная форма «-чин» не стала массовой.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне и ремесленники массово получали фамилии по прозвищам отцов. Сословно предки Гондарчиных, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, занимавшимися бондарным промыслом. Интересно, что в некоторых говорах слово «гондарь» могло иметь и переносное значение — так могли прозвать упрямого или несговорчивого человека, но это лишь догадка. Основная версия остаётся ремесленной.