Фамилия Гонеева — женская форма, а её мужской вариант — Гонеев. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих согласных). Основа здесь — «Гоней» или «Гоня».

Ключевой вопрос: откуда взялось это имя или прозвище? Скорее всего, в основе лежит глагол «гнать». В старину прозвище Гоня могли дать человеку по роду занятий — например, гонцу, вознице или погонщику скота. В словаре русских фамилий Бориса Унбегауна и в работах Владимира Никонова не раз отмечается, что прозвища от «гнать» были вполне обычны для крестьянской и посадской среды. Кроме того, «гоня» в некоторых говорах означало «быстрый, торопливый человек» — такое прозвище могло закрепиться за непоседой или расторопным работником.

Есть и вторая, менее очевидная версия. Гонеев может восходить к краткой форме одного из крестильных имён — например, Евгений (в народной речи — Геня, Гоня) или Агафон (Гапон, Гоня). В этом случае фамилия была бы не прозвищной, а «именной»: Гоня — уменьшительное от полного церковного имени. Такие сокращения были в ходу повсеместно, и фамилии от них составляют огромный пласт русской ономастики.

Географически фамилия не привязана к одному региону. Встречается в центральных областях России, на Среднем Урале и в Поволжье, что характерно для фамилий, образованных от бытовых прозвищ. Сословная принадлежность предков-Гонеевых, скорее всего, была крестьянской или мещанской: в дворянских родословных книгах эта фамилия не упоминается.

Таким образом, носительница фамилии Гонеева может с высокой вероятностью считать, что её предок был либо человеком, связанным с перевозками или скоростью, либо носителем народной формы имени Евгений или Агафон. Оба варианта — рабочие, и только генеалогическое исследование по конкретной семье может дать однозначный ответ.