Фамилия Гонеев — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. В ней нет привычного -ов/-ев, образованного от церковного имени: здесь работает более редкая модель с суффиксом -еев, который обычно присоединяли к основам на -ей (Андрей → Андреев, Матвей → Матвеев). Значит, в основе фамилии лежит имя или прозвище Гоней, Гонец или Гоня.

Самое вероятное объяснение — прозвище Гонец или его диалектная форма Гоней. В старину «гонцом» называли скорохода, посыльного, вестника. Человек, который постоянно куда-то спешил, разносил вести или работал на почтовой гоньбе (ямской службе), легко получал такое прозвище. Фамилии от слова «гонец» встречаются в разных вариациях: Гонцов, Гончаров (от «гончар» — другая профессия), но Гонеев могло возникнуть из уменьшительной формы Гоня (аналог: Конеев — от Коня, Вонеев — от Воня).

Есть и вторая, менее распространённая версия — от тюркского имени Гоне (Гуней, Геней), что значит «солнечный», «сияющий». В Поволжье и Приуралье, где веками жили рядом русские и татары, фамилии с таким корнем не редкость. Однако в пользу славянского происхождения говорит именно суффикс -еев: у тюркских фамилий чаще встречается просто -ев (Гонев).

Географически фамилия Гонеев редкая. Основные очаги — юг России (Воронежская, Ростовская области) и отчасти Среднее Поволжье. В дореволюционных переписях она почти не встречается среди дворянства или купечества: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая, скорее всего, не раньше XVII—XVIII веков, когда прозвища начали закрепляться в документах.

Таким образом, предки носителя фамилии Гонеев с высокой вероятностью были людьми подвижными — либо работали на почтовых трактах, либо просто слыли в своей деревне непоседами и быстрыми на ногу. Фамилия сохранила в себе отголосок той живой, разговорной среды, где прозвище давали по самому заметному качеству человека.