Фамилия Гонеевы — редкий случай, когда основа слова неочевидна и уводит в спорные зоны русской ономастики. Сразу скажем: версия о связи с «гонять» или «гон» здесь, скорее всего, ложная. В русских фамилиях суффикс -еев обычно указывает на основу, оканчивающуюся на -ей: Гоней, Гонея. Но что это за имя или прозвище?

Наиболее правдоподобное объяснение лежит в области крестильных имён. Гоней, Гоня — это народная, сокращённая форма канонического имени Генезий (от греческого genesis — «происхождение», «рождение») или, что вероятнее, Агафон (от греческого agathos — «добрый», «хороший»). В русской деревне имя Агафон легко превращалось в Гоню, Гонея через отпадение начального «А» и стяжение. Тогда Гонеевы — прямые потомки человека, которого в быту звали Гоней, а в церковных книгах записывали Агафоном. Такая модель образования (от разговорной формы имени) типична для XVI–XVII веков, когда фамилии только закреплялись.

Есть и альтернативная, но более слабая версия — от прозвища Гоней, связанного с глаголом «гонить» в значении «гнать, торопить, погонять». В этом случае предок мог быть возницей, погонщиком или просто нетерпеливым, быстрым человеком. Однако против этого говорит редкость слова «гоней» в прозвищной традиции — в документах встречаются Гонец, Гончар, Гоняй, но не Гоней.

Географически фамилия Гонеевы не привязана к одному региону, но встречается точечно в старых переписях центральной России и Поволжья. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы — фамилии на -еев у дворян встречаются реже, а у крестьянства они фиксировались массово после отмены крепостного права. В дореволюционных метрических книгах Гонеевых можно найти в Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниях, что косвенно подтверждает версию о происхождении от народной формы имени Агафон, популярного именно в этих краях.