Фамилия Гониди — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её окончание -иди указывает на греческое происхождение. В греческом языке суффикс -идис (в родительном падеже -иди) образует фамилии по отчеству, буквально «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, Гониди — это «сын Гона» или «из рода Гона».

Основа Гон- требует разъяснения. В греческом языке слово «гони» (γονή) означает «рождение, происхождение, потомство». Прямое значение — «рождённый». Но прозвище или имя Гона могло возникнуть и от другого корня. В греческих диалектах «гони» (γόνι) — колено, а в переносном смысле — «коленопреклонённый», то есть человек, который часто кланяется или молится. Вполне вероятно, что прозвище дали набожному человеку или тому, кто имел привычку низко кланяться при встрече.

Есть и более прозаичная версия. В новогреческом языке «гони» (γωνία) — угол. Так могли прозвать человека, жившего на углу улицы, или того, кто владел угловым участком земли. Однако эта версия менее вероятна: фамилии от слова «угол» чаще давались по месту жительства, но в греческой модели они обычно звучали бы как Гониадис, а не с краткой основой Гон-.

На территории России фамилия Гониди встречается крайне редко. Её носители — это, как правило, потомки греческих переселенцев, которые оказались в Российской империи в разное время. Массовый исход греков из Османской империи пришёлся на конец XVIII — XIX века, когда они селились в Причерноморье (Новороссия, Крым, Приазовье), а также на Кавказе. В советский период фамилия могла появиться в других регионах за счёт миграции и смешанных браков.

Социальный состав носителей фамилии Гониди неоднороден. Среди греческих переселенцев были и торговцы, и ремесленники, и крестьяне. Фамилия не указывает на знатное происхождение — в Греции фамилии на -идис носили все сословия. Поэтому предки человека с фамилией Гониди могли быть кем угодно: от рыбака на побережье Эгейского моря до купца в Таганроге.

Итог простой: фамилия Гониди — греческая, образована от личного имени или прозвища Гона с помощью патронимического суффикса -иди. Её носители в России — потомки греческих переселенцев, в основном из Причерноморья и Кавказа.