Фамилия Гониодский — редкий пример, где географическая основа, скорее всего, первична, а прозвищная — вторична или вовсе отсутствует. Суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский способ образования: такую фамилию получали по названию поместья, усадьбы или местечка, которым владел род. В русской традиции этот суффикс закрепился за духовенством и служилым дворянством, но в случае Гониодских — почти наверняка польско-литовское происхождение.

Корень фамилии — Гониод- — с высокой вероятностью восходит к названию населённого пункта. На картах бывшей Речи Посполитой встречается несколько похожих топонимов: деревня Гониоды (Goniody) на Подляшье, а также Гонёндз (Goniądz) — город в Польше. В старых документах написание могло колебаться: Гониодз, Гонидз, Гониод. Если предок владел или был выходцем из такого места, его потомки получали прозвание «с Гониода», которое со временем закрепилось как Гониодский.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Гониода. В польских говорах «гониода» — диалектное слово, означавшее «гончая» или «бегущая», а в переносном смысле — непоседливого, быстрого человека. Однако для фамилии на -ский такое прозвище было бы нетипично: обычно такую модель давали по месту, а не по личному качеству. Поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Фамилия почти не встречается в современных русских справочниках и базах данных. Её носители — единичные семьи, скорее всего, потомки мелкой шляхты или однодворцев, переселившихся с запада в центральные губернии Российской империи в XVIII–XIX веках. Написание с буквой «о» во втором слоге (Гониодский, а не Гонидский) сохраняет след старого произношения, где «ё» или «е» не перешли в «и» под ударением.