Фамилия Горгонтий — редчайший случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ, она напрямую восходит к полной форме канонического имени Горгонтий. Это имя греческого происхождения, означающее «принадлежащий Горгоне» или «подобный Горгоне» — мифическому чудовищу со взглядом, обращающим в камень. В христианских святцах имя закрепилось благодаря мученику Горгонтию, пострадавшему за веру в IV веке.

Модель образования фамилии на -ий (Горгонтий) указывает на то, что она не прошла через стандартную для России суффиксацию (-ов, -ин). Фамилия либо была зафиксирована в церковной среде, где имя употреблялось в полной, неадаптированной форме, либо принадлежала человеку, которого в документах записали не по отчеству, а прямо по имени. Такое встречалось в среде духовенства, где фамилии нередко давали по имени святого, а также у выходцев из греческих или южнославянских земель, где имя сохраняло исходное звучание.

Искать корни фамилии стоит в южнорусских регионах или на территориях, испытавших влияние греческой культуры. В массовых переписях фамилия практически не встречается, что делает её уникальной — носители, скорее всего, принадлежат к одной или нескольким родственным ветвям. Спорных версий происхождения нет: основа ясна, а редкость объясняется нераспространённостью самого имени в народной среде, где его вытеснили более привычные варианты.