Фамилия Горофей — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а календарное имя, причём в необычной народной переделке. Это вариант крестильного имени Горгоний, которое восходит к греческому «горгос» — «быстрый», «стремительный». В народе имя, звучавшее непривычно, переосмыслили: его переделали в более понятные формы — Горофей, Горох, Горохов. Связь с горохом здесь вторична, это народная этимология, «притянувшая» малопонятное имя к знакомому слову.

Модель образования проста: суффикс -ей указывает на то, что перед нами не отчество, а непосредственно имя в бытовой форме. Фамилия Горофей застыла в именительном падеже, без типичных русских суффиксов -ов/-ев или -ин. Такие фамилии — «окаменевшие» имена — встречаются реже, чем патронимы, и чаще всего в среде, где фамилии закрепились поздно, в крестьянской или мещанской среде XIX века.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где была сильна традиция «бессуффиксных» фамилий. Встретить Горофея можно в старых записях Черниговской, Полтавской, Курской губерний. Там же фиксируются однокоренные варианты: Горох, Горохов, Горошко — все они восходят к тому же источнику, к имени Горгоний.

Таким образом, предок носителя фамилии Горофей, скорее всего, был крещёным человеком, которого в быту звали Горофеем — народной формой имени Горгоний. Никакого отношения к бобовым или к «гороховому шуту» это прозвание не имело, хотя со временем и обросло ассоциациями.